تاریخچه شورای عالی سلامت و امنیت غذایی به منظور جلب همکاری و مشارکت همه وزارتخانه ها و سازمانها در امر حفظ و ارتقا سلامت وزارت بهداشت درمان و آموزش پزشکی پیشنهاد تشکیل شورای عالی سلامت کشور را به مقام محترم ریاست جمهوری ارائه کرد.این پیشنهاد در تاریخ 4/4/1382 در هیات وزیران مطرح گردید هیات وزیران در این جلسه بنا به پیشنهاد مشترک وزارت بهداشت، درمان و آموزش پزشکی و سازمان مدیریت و برنامه ریزی کشور و به استناد اصل یکصد و سی و هشتم قانون اساسی جمهوری اسلامی ایران،اولین آیین نامه شورای عالی سلامت کشور و برنامه اصلاحات در نظام سلامت را در 19 بند تصویب کرد.
هیات وزیران مجددا در جلسه مورخ 30/7/1385 بنا به پیشنهاد شماره 190932 مورخ 9/8/1384 وزارت بهداشت ، درمان و آموزش پزشکی و به استناد الف ماده 84 قانون برنامه چهارم توسعه اقتصادی ، اجتماعی و فرهنگی جمهوری اسلامی ایران ـ مصوب 1383 ـ آیین نامه تشکیل شورای عالی سلامت و امنیت غذایی را در 6 بند تصویب کرد .این مصوبه در تاریخ 13/8/1385 با شماره 96321/ت34116هـ توسط معاون اول رئیس جمهور ابلاغ شده است.
بنا به ماده 32 بند الف قانون برنامه پنجم توسعه ، فعالیت شورای عالی سلامت و امنیت غذایی که برابر بند الف ماده 84 قانون برنامه چهارم توسعه با ادغام شورای غذا و تغذیه و شورای عالی سلامت تشکیل شده است در مدت اجرای برنامه پنجم ادامه می یابد . بر اساس همین بند آین نامه شورا بوسیله وزارت بهداشت تدوین و در تاریخ 1/8/1390 به شرح زیر به تصویب هئیت وزیران رسید.
بر اساس ماده ۵ آیین نامه شورای برنامه ریزی وتوسعه استان، ابلاغ شده از سوی هیأت وزیران در تاریخ 14/8/90 به شماره 162178/ت 47221 ه، کارگروه تخصصی سلامت و امنیت غذایی به عنوان یکی از سیزده کارگروه مشورتی شورای برنامه ریزی و توسعه استان تشکیل می گردد.
لازم به ذکر است که آیین نامه مذکور به پیشنهاد سازمان مدیریت و برنامه ریزی کشور و به استناد بند (ه) ماده (۱۷۸) قانون برنامه پنجم توسعه جمهوری اسلامی ایران طی تصویب نامه ای به شماره ۵۱۵۵۱/ ت ۵۰۹۶۱ ه مورخ ۲۴/ ۰۴/ ۱۳۹۴ اصلاح گردیده است.